Con la reforma fiscal , se modifica la deducción fiscal del fondo de comercio financiero en el Impuesto Sobre Sociedades, el concepto de fondo de comercio ha sido definido por la doctrina contable como todos aquellos activos intangibles no identificables que adquiere una empresa, entre los que se encuentra la clientela de una empresa, su nombre o razón social, su localización, la cuota de mercado, el nivel de competencia comercial, el capital humano etc., que proporcionan beneficios económicos futuros a la compañía adquirente, y por los cuales ,la empresa paga un sobre-precio.

Dentro del fondo de comercio, nos referimos al fondo de comercio financiero, cuando adquirimos participaciones de otra sociedad extranjera, desde el año 2002 se estableció la deducción de este en el artículo 12.5 de la ley del Impuesto Sobre Sociedades; uno de los beneficios fiscales más costosos de la historia económica de España. Este incentivo permitía dejar de pagar a razón del 5% anual durante 20 años del sobreprecio pagado por una empresa extranjera. Así, si una compañía española pagaba 7.000 millones de euros por una sociedad cuyo valor contable eran 1.000 millones, la empresa española se podía deducir el 5% de 6.000 millones durante 20 años. Esto suponía que las arcas de la hacienda española pagaban, por medio de una menor recaudación del Impuesto Sobre Sociedades, a lo largo de 20 años, 1.800 millones de euros, el 30% del sobreprecio pagado por la empresa, como norma general. No obstante, desde el año 2011 por medio del Real Decreto 12/2012 se limitó la deducción de esta partida al 1% para los ejercicios 2011,2012 y 2013.

Respecto a la deducción fiscal de esta partida la doctrina administrativa en una primera etapa (desde el año 2002 hasta el año 2011) era muy rígida, negando por ejemplo la deducción fiscal del fondo de comercio financiero cuando la entidad adquirida era una entidad holding no residente en España, al considerar que el fondo de comercio sólo podía originarse en sociedades con actividad mercantil, en las que precisamente, como consecuencia del ejercicio de dicha actividad, existía un intangible derivado del prestigio de la empresa, la situación geográfica, la cartera de clientes, el equipo humano, la preparación del personal, el conocimiento de los mercados, la red de contactos, etc., que ocasionaba que el precio que se pagaba por la sociedad extranjera fuese superior al que resultaba de su valor contable.

En el año 2012, la doctrina del Tribunal Económico Administrativo Central modifica su criterio y se hace más flexible, admitiendo la aceptación de la deducción fiscal de fondo de comercio financiero existente en la adquisición de una entidad holding no residente, que a su vez tenía participaciones en sociedades operativas en segundos y ulteriores niveles.

Sin embargo, la Audiencia Nacional, en sentencia de 6 febrero del 2014, vuelve a negar la deducción fiscal del fondo de comercio financiero cuando la entidad adquirida era una entidad holding no residente en España.

Con la reforma fiscal y tras la publicación de la ley 27/2014, de noviembre del Impuesto Sobre Sociedades, para ejercicios iniciados con anterioridad al 1 de enero de 2015, se eliminan los requisitos para la deducibilidad de la adquisición del fondo de comercio que exigían: i) la adquisición a título oneroso; ii) que la adquisición no se haya realizado a otra entidad del mismo grupo de sociedades y; iii) que se haya dotado una reserva indisponible de al menos el importe deducible.

Asimismo, se establece un régimen transitorio recogido en la DT 34ª, aplicable exclusivamente para el periodo impositivo 2015, por el cual:
La amortización correspondiente al fondo de comercio (financiero, de fusión o adquirido a terceros) estará sujeta al límite del 1 % de su importe.

De alguna manera parece ser que el legislador pretende acabar con la polémica que planteaba la deducción fiscal del fondo de comercio financiero que se generaba por la adquisición de empresas de al menos el 5% de participaciones de sociedades extranjeras, participaciones que la empresa mantiene al menos durante un año y respecto a la cual, la Comisión Europea , por medio de la Decisión 2011/282/UE declaraba como no deducible y que sin embargo, el Tribunal General de la Unión Europea , en la sentencia dictada en fecha 7 de noviembre del 2014, en relación con los asuntos T 219/20 y T 399/11 ,anula las decisión de la Comisión Europea en relación con la amortización fiscal del fondo de comercio financiero que se genera al adquirir estar participaciones y que viene dar la razón a la empresas españolas recurrentes Banco Santander, Autogrill y Santusa. Sentencia que actualmente se encuentra recurrida por la Comisión Europea mediante recurso presentado el 19 de enero del 2015.

En definitiva tendremos que esperar a que se resuelva este recurso interpuesto para la Comisión Europea para ver qué ocurrirá con el futuro de este importante incentivo fiscal para las empresas.